Ludwig Heilmayr schreibt in seiner Schrift von 1897 anlässlich der 600-Jahr-Feier der Pfarre St. Georgen über die Filialkirche Holzhausen aus dem Text einer Votivtafel von Pfarrer Johann Georg Faber, der das Pestjahr 1679 selbst miterlebt hat.

"Als anno 1469 die Pest diese St. Georgener Pfarre verwüstete, hat das andächtige Volk dem vorzüglichen Martyrer St. Sebastian hier einen neuen Altar errichtet und Erhörung gefunden, 1608 wurde Anlasses derselben Pest und glücklichen Gefahrenabwendung voll Verehrung ein neuer Holzaltar errichtet. Als 1679 eine wütende Pest das benachbarte Österreich furchtbar heimsuchte, haben wir in Vorsicht und voll Vertrauen neuerdings deine Hilfe, heiligster Martyr, angerufen und in tiefster Verehrung abermals Hilfe gefunden und weihen dir zum dritten Male den neuen Altar mit der Bitte, du wolltest deine Güte gegen uns deine so sehr verbundenen Schutzgenossen, der du zweimal schon als Patron uns Gnade erfleht, das dritte Mal nicht verlassen."

Die Raummaße nehmen innerhalb der "St. Georgener Kirchenfamilie" in den Bedeutungsstufen St. Georgen - Obereching - Untereching - Holzhausen zwar ab, der Erweitungsbau von 1985/86 lässt Holzhausen jedoch merklich "nachrücken". Durch diesen Anbau gewann der spätgotische Kirchenraum deutlich an Ausstrahlung, ein Werk besonderer Art ist entstanden.

Der Hochaltar von 1667 ist dem Kirchenpatron hl. Nikolaus geweiht und von den Figuren des hl. Hieronymus und hl. Ulrich flankiert.
Der Seitenaltar von 1679 trägt eine St. Sebastians-Gestalt. Die Figuren beider Altäre schuf Wolf Weißenkirchner, beim Seitenaltar ergab sich die bekannte Dreiergruppe Weißenkirchner (Figuren), Rottmayerin (Altarfassung) und Ruep Lex (Altaraufbau). Die übrige Bildausstattung ist reichhaltig und stammt überwiegend aus der Mitte des 18. Jahrhunderts.

Nach dem Sakristeibrand 2007 wurde anschließend eine Restaurierung und Renovierung durchgeführt.